1949. aastal avastati Karja karjamõisa läheduses ehitustöödel 18 luustikku, mille juures oli ka vanu esemeid. Tegemist oli muistse kalmistuga, mida 1955. aastal asus uurima arheoloog Aita Kustin. Selleks ajaks oli osa kalmistust jäänud juba hilisema ehituse alla, kuid suurem osa õnnestus siiski läbi kaevata. Kalmistu algne suurus võis olla olnud kuni 400 m2.
Leiti 34 luustikku, kuid algselt võis siin Kustini hinnangul olla maetud kuni 70 inimest. Kõik surnud olid asetatud haudadesse pea lääne poole, s t kristliku kombe kohaselt, mitmete juures oli säilinud kirstu osi. Kalmistu umbes keskel oli luustikest tühi ala, võimalik kunagine puitkabel. Kaasa pandud esemed ning mitmetest matustest leitud mündid dateerisid kalmistu 13.-14. sajandisse.
Karja kalmistule maetud olid kristlased. Asukoht hilisema mõisa päris kõrval põllumaade keskel lubab oletada, et tegu oli väikese erakiriku juures paiknenud kristliku surnuaiaga. Üsna rohked panused viitavad selgelt eesti soost maaomanikele-vasallidele, kellele tolleaegne mõis ilmselt kuulus.
Esemeid, esmajoones ehteid leiti kõige enam naiste matustest, meeste puhul esines panuseid harva. Jutt on siiski üksnes neist esemeist, mis üle 600-700 aasta meieni säilisid, seega esmajoones metallist asjadest. Toredatest kangastest, tikanditega või karusnahksed rõivad, kui neid Karja kalmistule maetutel ka leidus, nii kaua enamasti ei säili. Tekstiilijäänuseid Karja kalmistult siiski leiti – mõnede surnute rõivad olid olnud kaunistatud pronksist rõngakeste ja spiraalikestega, mis aitas säilitada ka riidekiude nende ümber. Sellise kaunistusega olid eeskätt naiste sõbad ja põlled. Mõned naised olid olnud kaunistatud ehtenõelte või hoburaudsõlgedega õlgade kohale kinnitatud rinnakeedega, mõnel oli sõrmes sõrmus, paljudel vööl või kirstus nuga. Suur osa ehteid ning pronkskaunistustega rõivaid polnud aga surnul küljes, vaid asetatud kirstu surnu selja alla. Meeste kõige tüüpilisemaks panuseks oli nuga, vahel pronksäärisega tupes ja kinnitatud vööle raudlülidest keti abil, vöö oli olnud kinnitatud rauast või pronksist pandlaga.
34-st leitud luustikust kuulusid 13 meestele, 10 naistele ja 11 lastele. 6 naist ja 2 meest oli surnud vanuses 35-50 aastat, 3 naist ja koguni 6 meest üle 50 aasta vanusena, mis tol ajal oli kõrge iga. 4 meest olid surnud vanuses 25-35 aastat. Karja kalmistule maetud meeste keskmiseks pikkuseks oli 167,4 cm, sealjuures vaid kolme mehe kasv ületas 170 cm piiri. Naiste keskmiseks pikkuseks oli 157,4 cm.
Sõdaderohke 13. sajand kajastus ka Karja luustikes. Üks 25-35-aastaselt surnud mees oli saanud korduvalt haavata, tõenäoliselt lähivõitluses, osa haavadest oli küll paranenud, kuid mitte korralikult. Alla 40-aastane mees oli tapetud selja tagant saadud löögiga pähe. Kõige dramaatilisem oli olnud ühe seitsmeaastase lapse surm – tema kolju oli sõna otseses mõttes löödud pooleks terava eseme, tõenäoliselt mõõga või kirvega.
Keskajal oli tavaliselt kõrge 25-35-aastaste naiste suremus seoses raseduste ja sünnitustega. Karja kalmistu uuritud skelettide hulgas sellised puudusid. Küll oli aga tõenäoliselt sünnitamisel surnud üks 35-45-aastane naine. Tegu oli ilmselt olulise emandaga, keda kaunistasid kaks laia hõbekäevõru. Matjad olid hoolitsenud ka sündimata lapse eest, kelle väikesed luud leiti ema vaagnaluude juurest. Nende kohale, seega siis ema kõhule, oli pandud mõnest helmest ning müntripatsist koosnev kee. Naise rinna pealt leiti nuga, mille ülesandeks oli ilmselt kaitsta nii ema kui last kurjade jõudude eest.
